修改HIR 匿名化逻辑
continuous-integration/drone/push Build is running
Details
continuous-integration/drone/push Build is running
Details
parent
c290515e22
commit
972b18e4df
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@ -203,6 +203,7 @@ app.MapControllers();
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Log.Logger = new LoggerConfiguration()
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Log.Logger = new LoggerConfiguration()
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//.MinimumLevel.Information()
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//.MinimumLevel.Information()
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.MinimumLevel.Override("Microsoft", LogEventLevel.Warning)
|
.MinimumLevel.Override("Microsoft", LogEventLevel.Warning)
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||||||
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.MinimumLevel.Override("ZiggyCreatures.Caching.Fusion", LogEventLevel.Warning)
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||||||
.WriteTo.Console()
|
.WriteTo.Console()
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.WriteTo.File($"{AppContext.BaseDirectory}Serilogs/.log", rollingInterval: RollingInterval.Day)
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.WriteTo.File($"{AppContext.BaseDirectory}Serilogs/.log", rollingInterval: RollingInterval.Day)
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.CreateLogger();
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.CreateLogger();
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||||||
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@ -30,6 +30,7 @@ using System.Linq;
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using System.Text;
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using System.Text;
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using System.Threading;
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using System.Threading;
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||||||
using System.Threading.Tasks;
|
using System.Threading.Tasks;
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||||||
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using ZiggyCreatures.Caching.Fusion;
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||||||
namespace IRaCIS.Core.SCP.Service
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namespace IRaCIS.Core.SCP.Service
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{
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{
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@ -449,7 +450,8 @@ namespace IRaCIS.Core.SCP.Service
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||||||
var dicomArchiveService = _serviceProvider.GetService<IDicomArchiveService>();
|
var dicomArchiveService = _serviceProvider.GetService<IDicomArchiveService>();
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||||||
var _seriesRepository = _serviceProvider.GetService<IRepository<SCPSeries>>();
|
var _seriesRepository = _serviceProvider.GetService<IRepository<SCPSeries>>();
|
||||||
var _studyGroupRepository = _serviceProvider.GetService<IRepository<SCPStudyHospitalGroup>>();
|
var _studyGroupRepository = _serviceProvider.GetService<IRepository<SCPStudyHospitalGroup>>();
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||||||
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var _fusionCache = _serviceProvider.GetService<IFusionCache>();
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||||||
|
var _systemAnonymizationRepository = _serviceProvider.GetService<IRepository<SystemAnonymization>>();
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||||||
var _distributedLockProvider = _serviceProvider.GetService<IDistributedLockProvider>();
|
var _distributedLockProvider = _serviceProvider.GetService<IDistributedLockProvider>();
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||||||
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@ -462,374 +464,420 @@ namespace IRaCIS.Core.SCP.Service
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try
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try
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{
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{
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// 直接拿 Dataset（已经完整）
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var dataset = request.Dataset;
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using (MemoryStream ms = new MemoryStream())
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#region 匿名化
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var anonymizeList = await _fusionCache.GetOrSetAsync(CacheKeys.SystemAnonymization, _ => CacheHelper.GetSystemAnonymizationListAsync(_systemAnonymizationRepository), TimeSpan.FromDays(7));
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var fixedFiledList = anonymizeList.Where(t => t.IsFixed).ToList();
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var ircFiledList = anonymizeList.Where(t => t.IsFixed == false).ToList();
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foreach (var item in fixedFiledList)
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{
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{
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await request.File.SaveAsync(ms);
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#region 1帧拆成多个固定大小的，方便移动端浏览
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var dicomTag = new DicomTag(Convert.ToUInt16(item.Group, 16), Convert.ToUInt16(item.Element, 16));
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||||||
// 回到开头，读取 dicom
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dataset.AddOrUpdate(dicomTag, item.ReplaceValue);
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ms.Position = 0;
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}
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var dicomFile = DicomFile.Open(ms);
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var numberOfFrames = dicomFile.Dataset.GetSingleValueOrDefault(DicomTag.NumberOfFrames, 1);
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foreach (var item in ircFiledList)
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{
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//多帧处理逻辑
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var dicomTag = new DicomTag(Convert.ToUInt16(item.Group, 16), Convert.ToUInt16(item.Element, 16));
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||||||
if(numberOfFrames > 1)
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||||||
|
if (dicomTag == DicomTag.ClinicalTrialProtocolID)
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{
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{
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//一定要有像素数据才处理
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dataset.AddOrUpdate(DicomTag.ClinicalTrialProtocolID, "");
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var pixelData = DicomPixelData.Create(dicomFile.Dataset);
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||||||
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||||||
if (pixelData != null)
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}
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||||||
{
|
if (dicomTag == DicomTag.ClinicalTrialSiteID)
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try
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{
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||||||
{
|
dataset.AddOrUpdate(DicomTag.ClinicalTrialSiteID, "");
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||||||
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Log.Logger.Warning($"CallingAE:{Association.CallingAE} CalledAE:{Association.CalledAE} 开始处理多帧instanceId:{instanceId}");
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var syntax = pixelData.Syntax;
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// 每个 fragment 固定大小 (64KB 示例，可以自己调整)
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int fragmentSize = 20 * 1024;
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var frag = dicomFile.Dataset.GetDicomItem<DicomOtherByteFragment>(DicomTag.PixelData);
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int fragmentCount = frag?.Fragments?.Count() ?? 0;
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var originOffsetTable = frag?.OffsetTable; //有可能没有表，需要自己重建
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var bot = new List<uint>();
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uint botOffset = 0;
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||||||
//需要拆成固定片段的
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if (syntax.IsEncapsulated && fragmentCount == pixelData.NumberOfFrames && numberOfFrames > 1)
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{
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var newFragments = new DicomOtherByteFragment(DicomTag.PixelData);
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#region test
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//var newDicomFile = dicomFile.Clone();
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//var newDataset = newDicomFile.Dataset;
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||||||
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||||||
//var dstPd = DicomPixelData.Create(newDataset, true);
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||||||
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||||||
//for (int i = 0; i < pixelData.NumberOfFrames; i++)
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//{
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// var frame = pixelData.GetFrame(i);
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// dstPd.AddFrame(frame);
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||||||
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// var data = frame.Data;
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// int offset = 0;
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||||||
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||||||
// while (offset < data.Length)
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// {
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||||||
// int size = Math.Min(fragmentSize, data.Length - offset);
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||||||
// var buffer = new byte[size];
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||||||
// Buffer.BlockCopy(data, offset, buffer, 0, size);
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||||||
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||||||
// newFragments.Fragments.Add(new MemoryByteBuffer(buffer));
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||||||
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// offset += size;
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||||||
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||||||
// }
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||||||
|
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||||||
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||||||
//}
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||||||
//var newOffsetTable = newDataset.GetDicomItem<DicomOtherByteFragment>(DicomTag.PixelData).OffsetTable;
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||||||
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||||||
//newFragments.OffsetTable.AddRange(newOffsetTable.ToArray());
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|
||||||
#endregion
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#region test fo-dicom auto bot
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//var newDicomFile = dicomFile.Clone();
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||||||
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//var newDataset = newDicomFile.Dataset;
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||||||
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||||||
//var dstPd = DicomPixelData.Create(newDataset, true);
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||||||
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||||||
//for (int i = 0; i < pixelData.NumberOfFrames; i++)
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||||||
//{
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||||||
// var frame = pixelData.GetFrame(i);
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||||||
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||||||
// dstPd.AddFrame(frame);
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||||||
//}
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||||||
//var newOffsetTable = newDataset.GetDicomItem<DicomOtherByteFragment>(DicomTag.PixelData).OffsetTable;
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||||||
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||||||
//Console.WriteLine(newOffsetTable.ToJsonStr());
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||||||
#endregion
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#region 最终使用
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for (int n = 0; n < pixelData.NumberOfFrames; n++)
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{
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||||||
var frameData = pixelData.GetFrame(n); // 获取完整一帧
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var data = frameData.Data;
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||||||
int offset = 0;
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||||||
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||||||
bot.Add(botOffset);
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||||||
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||||||
botOffset += (uint)data.Length;
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||||||
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||||||
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||||||
while (offset < data.Length)
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||||||
{
|
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||||||
botOffset += 8;
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||||||
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||||||
|
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||||||
int size = Math.Min(fragmentSize, data.Length - offset);
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|
||||||
var buffer = new byte[size];
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||||||
Buffer.BlockCopy(data, offset, buffer, 0, size);
|
|
||||||
|
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||||||
newFragments.Fragments.Add(new MemoryByteBuffer(buffer));
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||||||
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||||||
offset += size;
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||||||
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||||||
}
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|
||||||
}
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||||||
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||||||
//保留原始偏移表
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||||||
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||||||
if (originOffsetTable.Count == pixelData.NumberOfFrames)
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||||||
{
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||||||
newFragments.OffsetTable.AddRange(originOffsetTable.ToArray());
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|
||||||
|
|
||||||
}
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||||||
else
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||||||
{
|
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||||||
newFragments.OffsetTable.AddRange(bot.ToArray());
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|
||||||
|
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||||||
//Console.WriteLine(bot.ToJsonStr());
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||||||
}
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||||||
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||||||
#endregion
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dicomFile.Dataset.AddOrUpdate(newFragments);
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||||||
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||||||
// 重新保存 dicom 到流
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||||||
ms.SetLength(0);
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||||||
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||||||
dicomFile.Save(ms);
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||||||
}
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||||||
//传递过来的就是拆分的，但是是没有偏移表的，我需要自己创建偏移表，不然生成缩略图失败
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||||||
else if (syntax.IsEncapsulated && fragmentCount > pixelData.NumberOfFrames && originOffsetTable.Count == 0)
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||||||
{
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||||||
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||||||
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||||||
|
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||||||
uint offset = 0;
|
|
||||||
|
|
||||||
bot.Add(offset);
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|
||||||
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||||||
var fistSize = frag.Fragments.FirstOrDefault()?.Size ?? 0;
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||||||
|
|
||||||
//和上一个大小不一样
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var isDiffrentBefore = false;
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||||||
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||||||
uint count = 0;
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||||||
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||||||
// 假设你知道每帧对应的 fragment 数量
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foreach (var frameFragments in frag.Fragments)
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||||||
{
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||||||
count++;
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||||||
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||||||
if (frameFragments.Size == fistSize)
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||||||
{
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||||||
isDiffrentBefore = false;
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||||||
// 累加这一帧所有 fragment 的大小
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||||||
offset += (uint)frameFragments.Size;
|
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||||||
continue;
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||||||
}
|
|
||||||
else
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||||||
{
|
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||||||
offset += (uint)frameFragments.Size;
|
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||||||
isDiffrentBefore = true;
|
|
||||||
|
|
||||||
}
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||||||
|
|
||||||
if (isDiffrentBefore)
|
|
||||||
{
|
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||||||
//每个Fragment 也占用字节
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||||||
offset += 8 * count;
|
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||||||
bot.Add(offset);
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||||||
count = 0;
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||||||
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|
||||||
}
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||||||
|
|
||||||
}
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||||||
|
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||||||
bot.RemoveAt(bot.Count - 1);
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||||||
// 设置到新的 PixelData
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||||||
frag.OffsetTable.AddRange(bot.ToArray());
|
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||||||
|
|
||||||
|
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||||||
// 重新保存 DICOM 到流
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||||||
ms.SetLength(0);
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||||||
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||||||
dicomFile.Save(ms);
|
|
||||||
|
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||||||
}
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||||||
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||||||
}
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catch (Exception mutiEx)
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{
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Log.Logger.Warning($"CallingAE:{Association.CallingAE} CalledAE:{Association.CalledAE} 处理多帧失败，上传原始文件：{mutiEx.ToString()}");
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||||||
}
|
|
||||||
}
|
|
||||||
}
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
if (dicomTag == DicomTag.ClinicalTrialSubjectID)
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||||||
|
{
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||||||
|
dataset.AddOrUpdate(DicomTag.ClinicalTrialSubjectID, "");
|
||||||
|
|
||||||
|
}
|
||||||
|
if (dicomTag == DicomTag.ClinicalTrialTimePointID)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
dataset.AddOrUpdate(DicomTag.ClinicalTrialTimePointID, "");
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
//if (dicomTag == DicomTag.PatientID)
|
||||||
|
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||||||
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||||||
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#endregion
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#region 本地测试
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||||||
//// --- 保存到本地文件测试 ---
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//var localPath = @"D:\TestDicom-5.dcm";
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|
||||||
//using (var fs = new FileStream(localPath, FileMode.Create, FileAccess.Write))
|
|
||||||
//{
|
//{
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||||||
// ms.CopyTo(fs);
|
// var pid = dataset.GetSingleValueOrDefault(DicomTag.PatientID, string.Empty);
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||||||
|
|
||||||
|
// dataset.AddOrUpdate(DicomTag.PatientID, trialSiteInfo.TrialCode + "_" + pid);
|
||||||
|
|
||||||
//}
|
//}
|
||||||
//return new DicomCStoreResponse(request, DicomStatus.Success);
|
|
||||||
|
|
||||||
#endregion
|
}
|
||||||
|
#endregion
|
||||||
ms.Position = 0;
|
|
||||||
//irc 从路径最后一截取Guid
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|
||||||
storeRelativePath = await ossService.UploadToOSSAsync(ms, ossFolderPath, instanceId.ToString(), false);
|
|
||||||
|
|
||||||
fileSize = ms.Length;
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
var @lock = _distributedLockProvider.CreateLock($"{studyInstanceUid}");
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// 构造 DicomFile（不用 Open）
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||||||
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var dicomFile = new DicomFile(dataset);
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||||||
|
|
||||||
using (await @lock.AcquireAsync())
|
|
||||||
|
#region 1帧拆成多个固定大小的，方便移动端浏览
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||||||
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||||||
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||||||
|
|
||||||
|
var numberOfFrames = dicomFile.Dataset.GetSingleValueOrDefault(DicomTag.NumberOfFrames, 1);
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||||||
|
|
||||||
|
//多帧处理逻辑
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||||||
|
if (numberOfFrames > 1)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
//一定要有像素数据才处理
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||||||
|
var pixelData = DicomPixelData.Create(dicomFile.Dataset);
|
||||||
|
|
||||||
|
if (pixelData != null)
|
||||||
{
|
{
|
||||||
try
|
try
|
||||||
{
|
{
|
||||||
var scpStudyId = await dicomArchiveService.ArchiveDicomFileAsync(dicomFile, storeRelativePath, Association.CallingAE, Association.CalledAE, fileSize);
|
|
||||||
|
|
||||||
var series = await _seriesRepository.FirstOrDefaultAsync(t => t.Id == seriesId);
|
Log.Logger.Warning($"CallingAE:{Association.CallingAE} CalledAE:{Association.CalledAE} 开始处理多帧instanceId:{instanceId}");
|
||||||
|
|
||||||
//没有缩略图
|
var syntax = pixelData.Syntax;
|
||||||
if (series != null && string.IsNullOrEmpty(series.ImageResizePath))
|
|
||||||
|
// 每个 fragment 固定大小 (64KB 示例，可以自己调整)
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||||||
|
int fragmentSize = 20 * 1024;
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
var frag = dicomFile.Dataset.GetDicomItem<DicomOtherByteFragment>(DicomTag.PixelData);
|
||||||
|
|
||||||
|
int fragmentCount = frag?.Fragments?.Count() ?? 0;
|
||||||
|
|
||||||
|
var originOffsetTable = frag?.OffsetTable; //有可能没有表，需要自己重建
|
||||||
|
|
||||||
|
var bot = new List<uint>();
|
||||||
|
|
||||||
|
uint botOffset = 0;
|
||||||
|
|
||||||
|
//需要拆成固定片段的
|
||||||
|
if (syntax.IsEncapsulated && fragmentCount == pixelData.NumberOfFrames && numberOfFrames > 1)
|
||||||
{
|
{
|
||||||
|
|
||||||
// 生成缩略图
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|
||||||
using (var memoryStream = new MemoryStream())
|
|
||||||
|
var newFragments = new DicomOtherByteFragment(DicomTag.PixelData);
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||||||
|
|
||||||
|
#region test
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||||||
|
//var newDicomFile = dicomFile.Clone();
|
||||||
|
|
||||||
|
//var newDataset = newDicomFile.Dataset;
|
||||||
|
|
||||||
|
//var dstPd = DicomPixelData.Create(newDataset, true);
|
||||||
|
|
||||||
|
//for (int i = 0; i < pixelData.NumberOfFrames; i++)
|
||||||
|
//{
|
||||||
|
// var frame = pixelData.GetFrame(i);
|
||||||
|
|
||||||
|
// dstPd.AddFrame(frame);
|
||||||
|
|
||||||
|
// var data = frame.Data;
|
||||||
|
// int offset = 0;
|
||||||
|
|
||||||
|
// while (offset < data.Length)
|
||||||
|
// {
|
||||||
|
// int size = Math.Min(fragmentSize, data.Length - offset);
|
||||||
|
// var buffer = new byte[size];
|
||||||
|
// Buffer.BlockCopy(data, offset, buffer, 0, size);
|
||||||
|
|
||||||
|
// newFragments.Fragments.Add(new MemoryByteBuffer(buffer));
|
||||||
|
|
||||||
|
// offset += size;
|
||||||
|
|
||||||
|
// }
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||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
//}
|
||||||
|
//var newOffsetTable = newDataset.GetDicomItem<DicomOtherByteFragment>(DicomTag.PixelData).OffsetTable;
|
||||||
|
|
||||||
|
//newFragments.OffsetTable.AddRange(newOffsetTable.ToArray());
|
||||||
|
#endregion
|
||||||
|
|
||||||
|
#region test fo-dicom auto bot
|
||||||
|
//var newDicomFile = dicomFile.Clone();
|
||||||
|
|
||||||
|
//var newDataset = newDicomFile.Dataset;
|
||||||
|
|
||||||
|
//var dstPd = DicomPixelData.Create(newDataset, true);
|
||||||
|
|
||||||
|
//for (int i = 0; i < pixelData.NumberOfFrames; i++)
|
||||||
|
//{
|
||||||
|
// var frame = pixelData.GetFrame(i);
|
||||||
|
|
||||||
|
// dstPd.AddFrame(frame);
|
||||||
|
//}
|
||||||
|
//var newOffsetTable = newDataset.GetDicomItem<DicomOtherByteFragment>(DicomTag.PixelData).OffsetTable;
|
||||||
|
|
||||||
|
//Console.WriteLine(newOffsetTable.ToJsonStr());
|
||||||
|
#endregion
|
||||||
|
|
||||||
|
#region 最终使用
|
||||||
|
|
||||||
|
for (int n = 0; n < pixelData.NumberOfFrames; n++)
|
||||||
{
|
{
|
||||||
DicomImage image = new DicomImage(dicomFile.Dataset);
|
var frameData = pixelData.GetFrame(n); // 获取完整一帧
|
||||||
|
var data = frameData.Data;
|
||||||
|
int offset = 0;
|
||||||
|
|
||||||
var sharpimage = image.RenderImage().AsSharpImage();
|
bot.Add(botOffset);
|
||||||
sharpimage.Save(memoryStream, new JpegEncoder());
|
|
||||||
|
|
||||||
// 上传缩略图到 OSS
|
botOffset += (uint)data.Length;
|
||||||
|
|
||||||
var seriesPath = await ossService.UploadToOSSAsync(memoryStream, ossFolderPath, $"{seriesId.ToString()}_{instanceId.ToString()}.preview.jpg", false);
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
series.ImageResizePath = seriesPath;
|
while (offset < data.Length)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
botOffset += 8;
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
int size = Math.Min(fragmentSize, data.Length - offset);
|
||||||
|
var buffer = new byte[size];
|
||||||
|
Buffer.BlockCopy(data, offset, buffer, 0, size);
|
||||||
|
|
||||||
//await _seriesRepository.BatchUpdateNoTrackingAsync(t => t.Id == seriesId, u => new SCPSeries() { ImageResizePath = seriesPath });
|
newFragments.Fragments.Add(new MemoryByteBuffer(buffer));
|
||||||
|
|
||||||
|
offset += size;
|
||||||
|
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
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|
||||||
|
//保留原始偏移表
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|
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||||||
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if (originOffsetTable.Count == pixelData.NumberOfFrames)
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||||||
|
{
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||||||
|
newFragments.OffsetTable.AddRange(originOffsetTable.ToArray());
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||||||
|
|
||||||
}
|
}
|
||||||
|
else
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||||||
|
{
|
||||||
|
newFragments.OffsetTable.AddRange(bot.ToArray());
|
||||||
|
|
||||||
|
//Console.WriteLine(bot.ToJsonStr());
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||||||
|
}
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||||||
|
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||||||
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#endregion
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|
dicomFile.Dataset.AddOrUpdate(newFragments);
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||||||
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||||||
|
}
|
||||||
|
//传递过来的就是拆分的，但是是没有偏移表的，我需要自己创建偏移表，不然生成缩略图失败
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||||||
|
else if (syntax.IsEncapsulated && fragmentCount > pixelData.NumberOfFrames && originOffsetTable.Count == 0)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
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||||||
|
uint offset = 0;
|
||||||
|
|
||||||
|
bot.Add(offset);
|
||||||
|
|
||||||
|
var fistSize = frag.Fragments.FirstOrDefault()?.Size ?? 0;
|
||||||
|
|
||||||
|
//和上一个大小不一样
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||||||
|
var isDiffrentBefore = false;
|
||||||
|
|
||||||
|
uint count = 0;
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||||||
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||||||
|
// 假设你知道每帧对应的 fragment 数量
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foreach (var frameFragments in frag.Fragments)
|
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|
{
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||||||
|
count++;
|
||||||
|
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||||||
|
if (frameFragments.Size == fistSize)
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||||||
|
{
|
||||||
|
isDiffrentBefore = false;
|
||||||
|
// 累加这一帧所有 fragment 的大小
|
||||||
|
offset += (uint)frameFragments.Size;
|
||||||
|
continue;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
else
|
||||||
|
{
|
||||||
|
offset += (uint)frameFragments.Size;
|
||||||
|
isDiffrentBefore = true;
|
||||||
|
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
if (isDiffrentBefore)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
//每个Fragment 也占用字节
|
||||||
|
offset += 8 * count;
|
||||||
|
bot.Add(offset);
|
||||||
|
count = 0;
|
||||||
|
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
bot.RemoveAt(bot.Count - 1);
|
||||||
|
// 设置到新的 PixelData
|
||||||
|
frag.OffsetTable.AddRange(bot.ToArray());
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
}
|
}
|
||||||
|
|
||||||
await _seriesRepository.SaveChangesAsync();
|
}
|
||||||
|
catch (Exception mutiEx)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
Log.Logger.Warning($"CallingAE:{Association.CallingAE} CalledAE:{Association.CalledAE} 处理多帧失败，上传原始文件：{mutiEx.ToString()}");
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
if (_ImageUploadList.Any(t => t.StudyInstanceUid == studyInstanceUid))
|
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
#endregion
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||||||
|
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||||||
|
#region 本地测试
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||||||
|
//// --- 保存到本地文件测试 ---
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|
//var localPath = @"D:\TestDicom.dcm";
|
||||||
|
//using (var fs = new FileStream(localPath, FileMode.Create, FileAccess.Write))
|
||||||
|
//{
|
||||||
|
// ms.CopyTo(fs);
|
||||||
|
//}
|
||||||
|
//return new DicomCStoreResponse(request, DicomStatus.Success);
|
||||||
|
|
||||||
|
#endregion
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||||||
|
|
||||||
|
// 直接写入内存
|
||||||
|
await using var ms = new MemoryStream();
|
||||||
|
await dicomFile.SaveAsync(ms);
|
||||||
|
ms.Position = 0;
|
||||||
|
|
||||||
|
//irc 从路径最后一截取Guid
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||||||
|
storeRelativePath = await ossService.UploadToOSSAsync(ms, ossFolderPath, instanceId.ToString(), false);
|
||||||
|
|
||||||
|
fileSize = ms.Length;
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||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
var @lock = _distributedLockProvider.CreateLock($"{studyInstanceUid}");
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||||||
|
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||||||
|
using (await @lock.AcquireAsync())
|
||||||
|
{
|
||||||
|
try
|
||||||
|
{
|
||||||
|
var scpStudyId = await dicomArchiveService.ArchiveDicomFileAsync(dicomFile, storeRelativePath, Association.CallingAE, Association.CalledAE, fileSize);
|
||||||
|
|
||||||
|
var series = await _seriesRepository.FirstOrDefaultAsync(t => t.Id == seriesId);
|
||||||
|
|
||||||
|
//没有缩略图
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||||||
|
if (series != null && string.IsNullOrEmpty(series.ImageResizePath))
|
||||||
|
{
|
||||||
|
|
||||||
|
// 生成缩略图
|
||||||
|
using (var memoryStream = new MemoryStream())
|
||||||
{
|
{
|
||||||
var find = _ImageUploadList.FirstOrDefault(t => t.StudyInstanceUid.Equals(studyInstanceUid));
|
DicomImage image = new DicomImage(dicomFile.Dataset);
|
||||||
|
|
||||||
|
var sharpimage = image.RenderImage().AsSharpImage();
|
||||||
|
sharpimage.Save(memoryStream, new JpegEncoder());
|
||||||
|
|
||||||
|
// 上传缩略图到 OSS
|
||||||
|
|
||||||
|
var seriesPath = await ossService.UploadToOSSAsync(memoryStream, ossFolderPath, $"{seriesId.ToString()}_{instanceId.ToString()}.preview.jpg", false);
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
find.SuccessImageCount++;
|
series.ImageResizePath = seriesPath;
|
||||||
|
|
||||||
if (!find.PatientNameList.Any(t => t == patientIdStr) && patientIdStr.IsNotNullOrEmpty())
|
|
||||||
|
|
||||||
|
//await _seriesRepository.BatchUpdateNoTrackingAsync(t => t.Id == seriesId, u => new SCPSeries() { ImageResizePath = seriesPath });
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
await _seriesRepository.SaveChangesAsync();
|
||||||
|
|
||||||
|
if (_ImageUploadList.Any(t => t.StudyInstanceUid == studyInstanceUid))
|
||||||
|
{
|
||||||
|
var find = _ImageUploadList.FirstOrDefault(t => t.StudyInstanceUid.Equals(studyInstanceUid));
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
find.SuccessImageCount++;
|
||||||
|
|
||||||
|
if (!find.PatientNameList.Any(t => t == patientIdStr) && patientIdStr.IsNotNullOrEmpty())
|
||||||
|
{
|
||||||
|
find.PatientNameList.Add(patientIdStr);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
//首次 （默认是Guid 空，数据库归档出了Id）
|
||||||
|
if (find.SCPStudyId != scpStudyId)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
find.SCPStudyId = scpStudyId;
|
||||||
|
|
||||||
|
#region 给检查打课题组标签
|
||||||
|
|
||||||
|
//添加课题组标签
|
||||||
|
if (CurrentHospitalGroup != null)
|
||||||
{
|
{
|
||||||
find.PatientNameList.Add(patientIdStr);
|
if (!_studyGroupRepository.Any(t => t.SCPStudyId == scpStudyId && t.HospitalGroupId == CurrentHospitalGroup.Id))
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
//首次 （默认是Guid 空，数据库归档出了Id）
|
|
||||||
if (find.SCPStudyId != scpStudyId)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
find.SCPStudyId = scpStudyId;
|
|
||||||
|
|
||||||
#region 给检查打课题组标签
|
|
||||||
|
|
||||||
//添加课题组标签
|
|
||||||
if (CurrentHospitalGroup != null)
|
|
||||||
{
|
{
|
||||||
if (!_studyGroupRepository.Any(t => t.SCPStudyId == scpStudyId && t.HospitalGroupId == CurrentHospitalGroup.Id))
|
await _studyGroupRepository.AddAsync(new SCPStudyHospitalGroup() { SCPStudyId = scpStudyId, HospitalGroupId = CurrentHospitalGroup.Id });
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
else
|
||||||
|
{
|
||||||
|
var findCmoveInfo = _cmoveStudyRepository.Where(t => t.StudyInstanceUIDList.Any(c => c == studyInstanceUid)).OrderByDescending(t => t.CreateTime).FirstOrDefault();
|
||||||
|
|
||||||
|
if (findCmoveInfo != null)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
foreach (var item in findCmoveInfo.HopitalGroupIdList)
|
||||||
{
|
{
|
||||||
await _studyGroupRepository.AddAsync(new SCPStudyHospitalGroup() { SCPStudyId = scpStudyId, HospitalGroupId = CurrentHospitalGroup.Id });
|
if (!_studyGroupRepository.Any(t => t.SCPStudyId == scpStudyId && t.HospitalGroupId == item))
|
||||||
|
{
|
||||||
|
await _studyGroupRepository.AddAsync(new SCPStudyHospitalGroup() { SCPStudyId = scpStudyId, HospitalGroupId = item });
|
||||||
|
|
||||||
|
}
|
||||||
}
|
}
|
||||||
}
|
}
|
||||||
else
|
else
|
||||||
{
|
{
|
||||||
var findCmoveInfo = _cmoveStudyRepository.Where(t => t.StudyInstanceUIDList.Any(c => c == studyInstanceUid)).OrderByDescending(t => t.CreateTime).FirstOrDefault();
|
Log.Logger.Warning($"未找到{studyInstanceUid}的Cmove记录");
|
||||||
|
|
||||||
if (findCmoveInfo != null)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
foreach (var item in findCmoveInfo.HopitalGroupIdList)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
if (!_studyGroupRepository.Any(t => t.SCPStudyId == scpStudyId && t.HospitalGroupId == item))
|
|
||||||
{
|
|
||||||
await _studyGroupRepository.AddAsync(new SCPStudyHospitalGroup() { SCPStudyId = scpStudyId, HospitalGroupId = item });
|
|
||||||
|
|
||||||
}
|
|
||||||
}
|
|
||||||
}
|
|
||||||
else
|
|
||||||
{
|
|
||||||
Log.Logger.Warning($"未找到{studyInstanceUid}的Cmove记录");
|
|
||||||
}
|
|
||||||
}
|
}
|
||||||
#endregion
|
|
||||||
|
|
||||||
}
|
}
|
||||||
}
|
#endregion
|
||||||
}
|
|
||||||
catch (Exception ex)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
|
|
||||||
Log.Logger.Warning($"CallingAE:{Association.CallingAE} CalledAE:{Association.CalledAE} 传输处理异常：{ex.ToString()}");
|
|
||||||
|
|
||||||
if (_ImageUploadList.Any(t => t.StudyInstanceUid == studyInstanceUid))
|
|
||||||
{
|
|
||||||
var find = _ImageUploadList.FirstOrDefault(t => t.StudyInstanceUid.Equals(studyInstanceUid));
|
|
||||||
|
|
||||||
find.FailedImageCount++;
|
|
||||||
|
|
||||||
}
|
}
|
||||||
|
|
||||||
}
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
//监控信息设置
|
|
||||||
_upload.FileCount++;
|
|
||||||
_upload.FileSize = _upload.FileSize + fileSize;
|
|
||||||
}
|
}
|
||||||
|
catch (Exception ex)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
|
||||||
|
Log.Logger.Warning($"CallingAE:{Association.CallingAE} CalledAE:{Association.CalledAE} 传输处理异常：{ex.ToString()}");
|
||||||
|
|
||||||
|
if (_ImageUploadList.Any(t => t.StudyInstanceUid == studyInstanceUid))
|
||||||
|
{
|
||||||
|
var find = _ImageUploadList.FirstOrDefault(t => t.StudyInstanceUid.Equals(studyInstanceUid));
|
||||||
|
|
||||||
|
find.FailedImageCount++;
|
||||||
|
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
//监控信息设置
|
||||||
|
_upload.FileCount++;
|
||||||
|
_upload.FileSize = _upload.FileSize + fileSize;
|
||||||
}
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
Log.Logger.Information($"CallingAE:{Association.CallingAE} CalledAE:{Association.CalledAE} {request.SOPInstanceUID} 上传完成 ");
|
Log.Logger.Information($"CallingAE:{Association.CallingAE} CalledAE:{Association.CalledAE} {request.SOPInstanceUID} 上传完成 ");
|
||||||
|
|
||||||
}
|
}
|
||||||
|
|
|
||||||
|
|
@ -20,11 +20,7 @@ namespace IRaCIS.Core.SCP.Service
|
||||||
public class DicomArchiveService(IRepository<SCPPatient> _patientRepository,
|
public class DicomArchiveService(IRepository<SCPPatient> _patientRepository,
|
||||||
IRepository<SCPStudy> _studyRepository,
|
IRepository<SCPStudy> _studyRepository,
|
||||||
IRepository<SCPSeries> _seriesRepository,
|
IRepository<SCPSeries> _seriesRepository,
|
||||||
IRepository<SCPInstance> _instanceRepository,
|
IRepository<SCPInstance> _instanceRepository
|
||||||
IDistributedLockProvider _distributedLockProvider,
|
|
||||||
IRepository<SystemAnonymization> _systemAnonymizationRepository,
|
|
||||||
IRepository<TrialSite> _trialSiteRepository,
|
|
||||||
IFusionCache _fusionCache
|
|
||||||
) : BaseService, IDicomArchiveService
|
) : BaseService, IDicomArchiveService
|
||||||
{
|
{
|
||||||
|
|
||||||
|
|
@ -42,55 +38,6 @@ namespace IRaCIS.Core.SCP.Service
|
||||||
{
|
{
|
||||||
var dataset = dicomFile.Dataset;
|
var dataset = dicomFile.Dataset;
|
||||||
|
|
||||||
#region 匿名化
|
|
||||||
|
|
||||||
var anonymizeList = await _fusionCache.GetOrSetAsync(CacheKeys.SystemAnonymization, _ => CacheHelper.GetSystemAnonymizationListAsync(_systemAnonymizationRepository), TimeSpan.FromDays(7));
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
var fixedFiledList = anonymizeList.Where(t => t.IsFixed).ToList();
|
|
||||||
|
|
||||||
var ircFiledList = anonymizeList.Where(t => t.IsFixed == false).ToList();
|
|
||||||
|
|
||||||
foreach (var item in fixedFiledList)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
|
|
||||||
var dicomTag = new DicomTag(Convert.ToUInt16(item.Group, 16), Convert.ToUInt16(item.Element, 16));
|
|
||||||
|
|
||||||
dataset.AddOrUpdate(dicomTag, item.ReplaceValue);
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
foreach (var item in ircFiledList)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
|
|
||||||
var dicomTag = new DicomTag(Convert.ToUInt16(item.Group, 16), Convert.ToUInt16(item.Element, 16));
|
|
||||||
|
|
||||||
if (dicomTag == DicomTag.ClinicalTrialProtocolID)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
dataset.AddOrUpdate(dicomTag, "");
|
|
||||||
|
|
||||||
}
|
|
||||||
if (dicomTag == DicomTag.ClinicalTrialSiteID)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
dataset.AddOrUpdate(dicomTag, "");
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
if (dicomTag == DicomTag.ClinicalTrialSubjectID)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
dataset.AddOrUpdate(dicomTag, "");
|
|
||||||
|
|
||||||
}
|
|
||||||
if (dicomTag == DicomTag.ClinicalTrialTimePointID)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
dataset.AddOrUpdate(dicomTag, "");
|
|
||||||
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
}
|
|
||||||
#endregion
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
string studyInstanceUid = dataset.GetString(DicomTag.StudyInstanceUID);
|
string studyInstanceUid = dataset.GetString(DicomTag.StudyInstanceUID);
|
||||||
string seriesInstanceUid = dataset.GetString(DicomTag.SeriesInstanceUID);
|
string seriesInstanceUid = dataset.GetString(DicomTag.SeriesInstanceUID);
|
||||||
string sopInstanceUid = dataset.GetString(DicomTag.SOPInstanceUID);
|
string sopInstanceUid = dataset.GetString(DicomTag.SOPInstanceUID);
|
||||||
|
|
@ -257,6 +204,7 @@ namespace IRaCIS.Core.SCP.Service
|
||||||
findStudy.DicomStudyTime = dataset.GetSingleValueOrDefault(DicomTag.StudyTime, string.Empty);
|
findStudy.DicomStudyTime = dataset.GetSingleValueOrDefault(DicomTag.StudyTime, string.Empty);
|
||||||
findStudy.CalledAE = calledAE;
|
findStudy.CalledAE = calledAE;
|
||||||
findStudy.CallingAE = callingAE;
|
findStudy.CallingAE = callingAE;
|
||||||
|
findStudy.PatientIdStr = patientIdStr;
|
||||||
findStudy.PatientName = dataset.GetSingleValueOrDefault(DicomTag.PatientName, string.Empty);
|
findStudy.PatientName = dataset.GetSingleValueOrDefault(DicomTag.PatientName, string.Empty);
|
||||||
findStudy.PatientSex = dataset.GetSingleValueOrDefault(DicomTag.PatientSex, string.Empty);
|
findStudy.PatientSex = dataset.GetSingleValueOrDefault(DicomTag.PatientSex, string.Empty);
|
||||||
findStudy.PatientAge = dataset.GetSingleValueOrDefault(DicomTag.PatientAge, string.Empty);
|
findStudy.PatientAge = dataset.GetSingleValueOrDefault(DicomTag.PatientAge, string.Empty);
|
||||||
|
|
|
||||||
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